El MUPE está ubicado en dependencias del Ayuntamiento de Elche y cuenta con dos plantas destinadas a la exposición de una parte de las colecciones: una planta inferior dedicada fundamentalmente a paleontología en general, con restos de todo el mundo, y una planta superior de paleontología local con restos de la provincia de Alicante y lugares cercanos, como Morella y Ribesalbes (Castellón), Las Hoyas (Cuenca) y Quibas (Murcia). Además de las salas de paleontología, el museo cuenta en su planta inferior con una sala dedicada a los minerales y una sala de malacología (conchas de moluscos actuales).
A este espacio, accesible al público, se suman los despachos, el almacén, la biblioteca, el aulario y el laboratorio, donde se realizan trabajos de preparación fósil. La biblioteca es accesible a quien lo solicite. En los despachos se realizan labores de gabinete y el aulario se abre al público en el momento de hacer actividades didácticas.


