El MUPE posee una amplia colección de piezas: atesora más de 60.000 fósiles, además de un excelente fondo de 7.000 ejemplares minerales y 5.000 conchas actuales de primer orden. Las piezas expuestas son solamente una pequeña parte de la colección.
Existe un inventariado de las piezas, necesario para tener de manera organiza información importante como dónde está cada una de estas dentro del museo, conocer su edad o su lugar de procedencia. Sin embargo, la colección siempre está en constante aumento porque el MUPE es depositario del Patrimonio Natural Paleontológico de la provincia de Alicante. Por lo tanto, cada hallazgo casual o fruto de una intervención paleontológica amplia la colección.


