En los años 80, un grupo de amigos apasionados por la paleontología funda el Grupo Cultural Paleontológico de Elche (GCPE), uniendo sus colecciones y esfuerzos para conservar el patrimonio fósil. Se establecen contactos con universidades y autoridades locales, poniendo las bases de un futuro proyecto museístico.

Durante los 90, el GCPE alcanza estabilidad, afianzando relaciones con instituciones científicas y logrando que su colección sea reconocida como Colección Museográfica por la Generalitat Valenciana. Se inicia la publicación de la revista Cidaris y se organizan talleres, exposiciones y actividades educativas, aunque las instalaciones son aún muy limitadas.

En 2004, tras años de esfuerzo, se inaugura oficialmente el Museo Paleontológico de Elche (MUPE) en la Plaça de Sant Joan. La gestión del museo se fortalece en 2007 con la creación de la Fundación Cidaris, impulsando proyectos como FOPALI, una innovadora herramienta de valoración y gestión del patrimonio paleontológico.

En esta etapa, el MUPE se convierte en un referente en investigación y divulgación. Se desarrollan múltiples proyectos en otras provincias, se firman colaboraciones con universidades y surgen publicaciones científicas de alto nivel. El museo también fomenta la formación de jóvenes estudiantes y voluntarios, ampliando su equipo y su proyección nacional e internacional.

A pesar de los retos de la pandemia, el MUPE continúa creciendo, incorporando nuevas tecnologías como drones y fotogrametría. Se apuesta por la ciencia ciudadana, se lanzan los Premios Revista Cidaris y el museo se abre aún más a la comunidad con proyectos como la Noche en Blanco.
Hoy en día, el MUPE es un museo accesible, inclusivo y participativo, con cerca de 28.000 visitantes anuales, consolidado como un motor cultural, educativo y turístico en Elche y la provincia de Alicante.